"Su nombre significa: Lugar de alacranes." Los indígenas que habitaron este valle tomaron el nombre de tibultecos guachichiles o nayaritas quienes se mantenían en continua guerra con los cascanes de Zacatecas. Los primeros españoles que pisaron este valle, en 1530, al mando de Pedro Almíndez Chirinos no encontraron ninguna población de importancia. Un jefe llamado Zacatecas y gobernador de todo este valle, a diez años de la expedición de Chirinos, convocó a todos estos pueblos para resistirse a la conquista. Pereció en la Guerra del Miztón.

Después de Chirinos el conquistador fue Juan de Tolosa, enviado en 1546 por Cristóbal de Oñate, gobernador de Guadalajara en ese entonces; Tolosa convenció a los indios dándoles muchas dádivas y diciéndoles que el objeto de su venida era darles a conocer al verdadero Dios. Su fundación española la realizó Lucas Tellez, propietario de la Hacienda de Tochopa.

El, junto con Diego Ramírez, solicitaron el permiso correspondiente al virrey Luis de Velasco para fundar una villa. El virrey envió 400 familias tlaxcaltecas a la región con el fin de que la poblaran y así ayudar a pacificar y conquistar a los indómitos chichimecas. El 21 de agosto de 1591, el capitán Miguel Caldera, alcalde mayor de Villa Jerez y Valle de Tlatenango, en unión del escribano Daniel Nuñez, dio las tierras necesarias para la fundación, tomando posesión de las mismas el padre guardián fray Ignacio Cárdenas, recibiendo el poblado el nombre de Villa de Nueva Tlaxcala de Quiahuistlán, denominación con la que a Colotlán se le conoció también a finales del siglo XVIII. El poblado quedó dividido en tres barrios.

El primero, de nombre Tlaxcala, correspondió a los tlaxcaltecas, en donde además moraba la nobleza española; Soyotlán, se le denominó así por la abundancia de soyate, moraban en el los aborígenes; Tochopa fue el tercer barrio, habitaron en él los avecindados. El 12 de noviembre de 1810 se pronunció por la Independencia Marcos Marcelo Escobedo, poniéndose a las órdenes de Hidalgo. El primero de enero de 1811, recibió una orden de Hidalgo a fin de que viniese a Guadalajara con el objeto de reforzar las fuerzas que saldrían a combatir a Calleja en el puente de Calderón. Durante su ausencia, se apoderaron de la plaza de Colotlán Francisco del Real y Sinforoso Gallegos, quienes se posesionaron de los consistoriales.

Marco sitió e incendió el edificio. El 15 de febrero de 1864 fue sorprendido un destacamento republicano cayendo prisionero, entre otros, el Gral.. Luis Ghilardi, quien fue fusilado el 16 de marzo en la Plazuela del Burro en Aguascalientes.En 1824 se concedió el título de Ciudad a Colotlán y desde esa fecha fue cabecera de 8o. Cantón. Se estableció ayuntamiento por decreto de 8 de abril de 1844.